转让不动产时原发票丢失怎么进行差额扣除

举例：几年前公司购买了两套商铺，现因业务改变拟将这两套商铺转让出去，但由于财务人员疏忽，之前购买商铺的原始发票遗失，只有契税完税凭证。请问在计算缴纳转让商铺的增值税时，凭借契税凭证是否可差额扣除，如果可以，应如何计算应纳税额?

答：《国家税务总局关于发布〈纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法〉的公告》(国家税务总局公告2016年第14 号)第八条规定，纳税人按规定从取得的全部价款和价外费用中扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价的，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的合法有效凭证。否则，不得扣除。

上述凭证是指：

(一)税务部门监制的发票。

(二)法院判决书、裁定书、调解书，以及仲裁裁决书、公证债权文书。

(三)国家税务总局规定的其他凭证。

《国家税务总局关于纳税人转让不动产缴纳增值税差额扣除有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第73 号)规定，纳税人转让不动产，按照有关规定差额缴纳增值税的，如因丢失等原因无法提供取得不动产时的发票，可向税务机关提供其他能证明契税计税金额的完税凭证等资料，进行差额扣除。纳税人以契税计税金额进行差额扣除的，按照下列公式计算增值税应纳税额：

如果是2016 年4 月30 日及以前缴纳契税的，增值税应纳税额=[ 全部交易价格( 含增值税)- 契税计税金额( 含营业税)]÷(1+5%)×5%;

如果是2016 年5 月1 日及以后缴纳契税的， 增值税应纳税额=[ 全部交易价格( 含增值税)÷(1+5%)- 契税计税金额( 不含增值税)]×5%。

根据上述规定，转让不动产按照有关规定差额缴纳增值税的，如因丢失等原因无法提供取得不动产时的发票，可向税务机关提供其他能证明契税计税金额的完税凭证等资料，进行差额扣除。